Os primeiros habitantes da Ilha de Cotijuba foram os índios Tupinambás, que a batizaram com este nome. Em tupi, Cotijuba significa "trilha dourada", talvez uma alusão às muitas falésias que expõem a argila amarelada que compõe o solo da ilha. A integração da ilha à cidade de Belém se iniciou em 1784, com a comercialização do arroz cultivado no Engenho Fazendinha. Com a desativação do engenho, a ilha passou a ser habitada, também, por famílias caboclas que sobreviviam do extrativismo.

Em 1933, quando a criminalidade infanto-juvenil em Belém atingiu índices alarmantes por conta da estagnação econômica regional, após o declínio do Ciclo da Borracha, foi inaugurado, na ilha, o Educandário Nogueira de Faria, construído para abrigar menores infratores. Durante a ditadura militar, as instalações do educandário também abrigaram presos políticos. Em 1945, imigrantes japoneses chegaram à ilha, ensinaram técnicas agrícolas aos educandos e, em 1951, fundaram a Cooperativa Mista de Cotijuda Ltda, em parceria com os agricultores locais.

Em 1968, foi construída uma penitenciária na ilha e, por algum tempo, educandário e presídio coexistiram. Porém, logo o educandário foi extinto e a ilha se transformou em ilha-presídio, recolhendo condenados e presos políticos, adultos e menores, com um sistema penal violento e arbitrário. Os menores e os presidiários construíram o sistema viário que se mantém pouco modificado até os dias atuais. Em 1977, com a inauguração da Penitenciária Estadual de Fernando de Guilhon, em Americano, a Colônia Penal de Cotijuba foi, definitivamente, desativada.

O estigma de ilha-presídio povoou o imaginário da sociedade paraense, mantendo-a à distância. A Constituição Brasileira de 1988 transferiu Cotijuba ao domínio municipal de Belém, quando houve o despertamento do interesse de veranistas atraídos pela riqueza da sua biodiversidade e pela sua proximidade da capital paraense. Em 1990, através de Lei Municipal, a Ilha de Cotijuba foi transformada em Área de Proteção Ambiental, fato que obriga a preservação das suas ricas fauna e flora e proibe a circulação de veículos motorizados, exceto os de segurança e saúde. Segundo os moradores de Cotijuba, em 2005, faleceu o último "preso" da ilha e, com ele, foi enterrado todo o sofrimento que já existiu por ali. Hoje, Cotijuba é um patrimônio a ser visitado, preservado e valorizado pela humanidade. É uma ilha cheia de Amazônia e de Amazônidas.

Praias de Cotijuba

A Ilha de Cotijuba possui quinze quilômetros de litoral e suas praias são pouco exploradas. As praias que são banhadas pela Baía do Marajó (ficam de frente para a Ilha de Marajó) são as preferidas para banho. A mais famosa é a Praia do Vai-quem-quer, por ser a maior e ser pouco freqüentada. O Vai-quem-quer fica a 9 quilômetros do porto da ilha e possui infraestrutura simples, com pousadas rústicas e bares que servem comida caseira. A Praia do Farol, ideal para família com crianças, é a que possui a maior estrutura para hospedagem de turistas, com um total de oito pousadas e mais de oitenta suites (com ventilador, com ventilador e TV, com ar condicionado, TV e frigobar, etc). No Farol, há diferentes tipos de bares e restaurentes, com músicas também variadas: saudade, pagode, forró e bregga. Nos feriados prolongados, há programação nas pousadas e na praia com música ao vivo, baile de saudade, luau, etc.

Caso o visitante queira mais tranqüilidade, a 15 minutos de caminhada do Farol estão as desertas praias do Amor e da Saudade. A Praia Funda é formada por uma linda enseada e é pouco freqüentada. Seu nome se deve ao fato de possuir um terreno íngreme, que torna a praia profunda a poucos passos da beira. As outras praias que ficam de frente para a Baía do Marajó são a Praia da Pedra Branca e Flexeira. As outras praias conhecidas da ilha são a do Cravo e do Cemitério.